A Bacia do Apa tem uma importância especial por ser transfronteiriça entre Brasil e Paraguai, dependendo da gestão compartilhada das águas entre os países. Abrange sete municípios brasileiros no Mato Grosso do Sul: Ponta Porã, Antônio João, Bela Vista, Caracol, Porto Murtinho, Bonito e Jardim. Em território paraguaio influencia os municípios de Bella Vista, Pedro Juan Caballero, Concepción, San Carlos e San Lázaro.
Estende-se por uma área física de 17.000 KM2, com aproximadamente 75% em território brasileiro. O Apa faz parte da Bacia do Alto Paraguai (BAP), sistema hídrico que abriga o Pantanal, a maior área continental de áreas alagáveis do mundo, reconhecida internacionalmente pela riqueza de sua biodiversidade e pela singularidade de seus ecossistemas. Mas é possível enxergar o Apa de forma mais abrangente como parte da bacia pantaneira, assim os rios que deságuam no rio Paraguai, vindos da Bolívia e Paraguai, também são considerados (veja o mapa). Para conectar as águas do Apa, a outro sistema ainda maior, temos que lembrar que o Paraguai ao desaguar no rio Paraná forma a Bacia do Prata, que segue até o mar, percorrendo Paraguai, Argentina e Uruguai. A foz do Apa fica próxima ao encontro dos rios Paraguai e Paraná, no extremo sul da Bacia do Alto Paraguai.
O Pantanal é reconhecido por ser uma área com formações vegetacionais com influência de vários biomas. O geógrafo AB´Saber constatou e deixou registrado em sua Teoria dos Refúgios, que o Pantanal é uma área de transição entre diversos biomas. É possível identificar na planície pantaneira espécies do Cerrado, Amazônia, Chaco, Mata Atlântica e remanescentes da Caatinga. Por isso, os pesquisadores não costumam se referir ao Pantanal como um bioma, dada sua diversidade de formações vegetacionais.
O diferencial do Apa, em relação às outras bacias situadas nos pantanais da BAP, é que por essas terras convergem o Chaco e o Pantanal. Além da influência da Serra da Bodoquena, com águas cristalinas pela presença do calcário em suas águas. Na Bodoquena há espécies da Mata Atlântica, ou seja, é uma área de tensão ecológica, onde avista-se grande variedade biológica.
O município de Porto Murtinho abriga a única área de Chaco no Brasil que vem sendo pesquisada e já se conclui que são necessárias medidas de conservação, pois podemos perder os últimos remanescentes de Chaco no Brasil.
No Apa existem regiões alagadas perto de sua foz, depois que o rio Perdido deságua no Apa, o volume aumenta muito e a baixa declividade da região propicia a formação dos pantanais. Já nas áreas mais altas da bacia, existem inúmeros córregos que não sofrem alagamento por situarem-se em áreas de planalto, nas quais a água escoa com mais velocidade. Nessas regiões a vegetação é típica de Cerrado e o entorno e até as matas ciliares sofreram forte transformação pela ação do ser humano. A paisagem nas áreas mais altas é composta de imensas pastagens, plantações de soja, milho, cana-de-açúcar e eucalipto.
A qualidade das águas da Bacia do Apa ainda é considerada boa, mas vem sofrendo gradativa diminuição de quantidade e qualidade. O desmatamento sem controle e a implementação de atividades econômicas, sobretudo as agropecuárias, causaram degradação para as terras com conseqüências para as águas.